分，最后獲得干燥的菌體樣品。它同時具備干燥、低溫和缺氧的菌種保藏條件。所以，可使微生物菌種得到較長時間的保存，凍干的菌種密封在較小的安瓿中，避免了保藏期間的污染。也便于大量保藏。它是目前被廣泛推崇的菌種保藏方法。但是，該法操作相對繁瑣，技術要求較高。

　　根據文獻記載，除不生孢子只產菌絲體的絲狀真菌不宜用此法外.其他多數微生物，如病毒、細菌、放線菌、酵母菌、絲狀真菌等都能凍干保藏。許多菌種用此法可保藏10年以上。

　　真空冷凍干燥裝置有各種形式，報據需要的工作最可選用單管式、歧管式、鐘罩式、離心式、艙箱式等類型的真空干燥機。排列越是后面的類型，處理的量越大，設備也越復雜。

　　凍干法保藏菌種的存活率受到多方面的形響，不同的生物承受凍于處理過程的能力不間，所以，有些菌種不適合用凍干法保藏。凍干前的培養條件和菌齡也是影響因素。適宜條件下培養至穩定期的細胞和成熟的孢子具有較強的耐受凍干的能力。提倡采用較濃的菌懸液。雖然其存活率低，但絕對量比較高。保護擠對存活的影響很大，保護效果與保護劑化學結構有密切關系。有效的保護劉應對細飽和水有很強的親和力，脫脂牛奶作為保護劑對多種微生物均有滿意的結果，凍結速度慢會損壞細胞，而凍結速度過快(幾秒鐘內完成凍結)也會在細胞內形成冰晶，損害細胞膜，影響存活。凍干管應避光保藏，尤其是避免直射光。適宜的恢復培養條件可以提高存活率。